สามารถปรับแต่งการใช้งานโปรแกรมได้โดยเลือกที่ Options Menu → Options หรือถ้าใช้งานโปรแกรมผ่านทาง Microsoft Window Explorer จะเลือกได้โดยคลิกที่ไฟล์แล้วคลิกขวาเลือก Kruptos 2 → Options

Options

• Obfuscate Filenames – จะให้โปรแกรมแสดงชื่อไฟล์ที่เข้ารหัสแล้วเป็นชื่อปลอมหรือไม่
• Show summary after operation – แสดงผลสรุปการทำงาน
• Show success message after successful operation - แสดงข้อความหลังจากที่ดำเนินการสำเร็จ
• Ask for confirmation before operation – แสดงข้อความให้ผู้ใช้ยืนยันก่อนที่จะทำการดำเนินการ
• Show warning when removing file from project – แสดงคำเตือนเมื่อลบไฟล์จากโปรเจกต์
• Automatically check for updates – ทำการตรวจสอบการอัปเดตเมื่อมีโปรแกรมเวอร์ชันใหม่โดยอัตโนมัติ

Advanced Options

• Encryption Algorithm – เลือกขั้นตอนวิธีที่จะใช้ในการเข้ารหัส ซึ่งในโปรแกรมนี้มีเฉพาะขั้นตอนวิธีโบลว์ฟิช
• Hash Algorithm – เลือกขั้นตอนวิธีแฮชที่ใช้ในการเข้ารหัส มีให้เลือกคือ MD5 ขนาด 128 bit key และ SHA256 ขนาด 256 bit key (ค่าเริ่มต้น)